比如在2000年，北京医科大学与北京大学进行了合并，前者如今成为了北京大学医学部。
北大医学部独立于北京大学进行招生，学生需于大一、大二进入北京大学本部学习基础公共课程之后，方能转入北大医学部进行专业深造，然而在学制、学位的转化方面都应按照医学部的要求执行。
第二类：与地方政府合作开办
由学校本部与地方政府合作开办，隶属于“本校”却基本独立运行的“分校”。
此类“分校”由于相关政策有待完善，在性质认定的方面存在较大差异。
例如，北京师范大学珠海分校是由北京师范大学与珠海市政府合作建立，教学方面长期引进本部教师进行合作，分校党委书记由本部党委副书记兼任。
虽然北京师范大学珠海分校官方始终不承认珠海分校为独立学院(本科第三批)，而称之为“按独立学院方式运作”，但实际在教育部，珠海分校已被归类为独立学院，并且连续六年参加了全国独立学院排名的评选。
类似的还有北京工业大学实验学院与北京工业大学的关系。虽然北工大实验学院可以在北京一本招生，但是毕业证和学位证上还仍然摆脱不了实验学院的所属。
然而，在同样属于校本部与地方政府共建高等教育机构，山东大学威海分校却成功转化为山东大学“分校区”，在各类学历学位证书方面实现了完全一致，并且不属于“独立学院”之列。
第三类：与民间资本合作开办
由学校本部与民间资本合作开办、完全独立自主运行的“独立学院”。
独立学院具有独立的校园和基本的办学设施，实施相对独立的教学组织和管理，独立进行招生，独立颁发学历学位证书，独立进行财务核算，具有独立法人资格，即基本相当于一个独立的学校。
目前，独立学院(也叫二级学院)所颁发的学历和文凭在社会认可度上低于公立院校(一级学院)，由于大部分独立学院主要还是在本科第三批次招生，少量获得本科第二批次招生资格，其生源质量相对于一级学院还是有一定差距。
例如，厦门大学嘉庚学院历年录取分数线均低于本部150分以上，主要招收本科第二批次和本科第三批次考生。同时，其毕业生毕业后也将获得的学院独立颁发的学历和学位证书。
